Die Kirche St. Ursula der mdw kann auf 350 Jahre als (kirchen-)musikalisch bedeutsames Zentrum Wiens zurückblicken. 1660 holte Kaiserin Eleonora von Gonzaga, die Witwe von Ferdinand III., die Ursulinen nach Wien. Zentrales Anliegen des Ordens war, ähnlich wie bei den Jesuiten, die Förderung der Bildung. Eine kleine Gruppe von Schwestern aus Liège wurde in der Dorotheergasse untergebracht, bereits 1663 bezogen sie ein Gebäude in der Johannesgasse. Die Ursulinen brachten für die Mädchen, die in der schulischen Ausbildung bisher stark benachteiligt waren, ganz neue Möglichkeiten. In unterschiedlichen Schulformen wurden „höhere Töchter“ aber genauso mittellose Kinder unterrichtet. Die Nachfrage war enorm und die Anzahl der Schülerinnen (die kostenlosen Unterricht erhielten), aber auch der „Kostzöglinge“ (für deren Schule und Internat gezahlt werden musste) war so groß, dass der Kloster- und Schulkomplex in der folgenden Zeit bis zur Seilerstätte/Annagasse erweitert wurde. Heute wird ein großer Teil der Anlage von der mdw genutzt.

1673 wurde der Grundstein für die Kirche gelegt. Am 15. September 1675 (Anmerkung der Redaktion: Erst Papst Pius X. verlegte das Fest auf den 12. September), dem Fest Maria Namen, wurde die Kirche St. Ursula schließlich in Anwesenheit des Kaiserhauses eingeweiht. Hinter einer eher schlicht gestalteten Fassade, die durch die heutige Enge der Johannesgasse kaum auffällt, verbirgt sich ein repräsentatives und kunsthistorisch bemerkenswertes Innere.
Die Ursulinen waren nicht nur durch ihr Wirken in der Schule der „Außenwelt“ gegenüber aufgeschlossen. Bedeutende Persönlichkeiten, allen voran Vertreterinnen und Vertreter des Kaiserhauses, waren regelmäßig in Kloster und Kirche zu Gast. Der Wiener Stadtpatron, Clemens Maria Hofbauer, wirkte von 1813 bis zu seinem Tod 1820 als Beichtvater und Prediger hier und zog damit unzählige Menschen in seinen Bann und in diese Kirche.
Von Beginn an spielte Musik bei den Ursulinen eine wichtige Rolle. Für das Chorgebet wurden sie von der „Chor- und Choralschwester“ entsprechend geschult. Je nach Anlass wurden gregorianische Choräle, polyphone Musik und bei entsprechend festlichen Gelegenheiten auch Kompositionen mit Instrumentalbegleitung (gerne auch mit den besonderer Repräsentation vorbehaltenen Pauken und Trompeten) aufgeführt. Die „Gesangmutter“ kümmerte sich um die musikalische Ausbildung der Mädchen. Bereits bei der Auswahl der Kandidatinnen für den Orden wurde Wert auf musikalische Begabung gelegt. Beim Eintritt in das Kloster musste eine Mitgift eingebracht werden. Diese konnte aber bei besonderen Talenten – und dazu zählten insbesondere musikalische Fähigkeiten – erlassen werden.
Bemerkenswert ist, dass die Ursulinen gewöhnlich sowohl den Gesang als auch die Instrumentalmusik selbst bestritten und damit in der Kirche auch öffentlich zu hören waren. Nicht nur Streichinstrumente und Trompete spielten sie, neben Sopran und Alt wurde auch die Bassstimme, wenn möglich, von einer Schwester übernommen. Im Totengedenkbuch liest man über die wohl bekannteste Basssängerin, die 1774 verstorbene Mater Maria Johanna Nepomucena, dass sie „eine unvergleichlich schöne Bass Stimen [hatte] wegen welcher sie auch aufgenohmen worden“ war. Wenn es notwendig war, wirkten auch externe Musiker bei der Kirchenmusik mit. Hier gab es sogar Ausnahmeregelungen, dass, um eine entsprechend qualitätsvolle Musik zu ermöglichen, einzelne (männliche) Musiker in den – den Ursulinen vorbehaltenen – Chorraum eingelassen wurden. Neben den liturgischen Feiern fanden bei Anwesenheit spezieller Gäste von den Ordensangehörigen und Kostzöglingen bestrittene „Concerte“ und andere musikalische Darbietungen statt.

1960 verkauften die Ursulinen den Gebäudekomplex an die Republik Österreich und übersiedelten nach Wien-Mauer. 1968 konnten einige Abteilungen der mdw (damals noch Akademie), darunter auch die Abteilung für Kirchenmusik, einziehen. Der junge Orgelprofessor und dann Abteilungsleiter Hans Haselböck engagierte sich besonders bei Übersiedlung und Planung der neuen Räumlichkeiten, unter denen sich auch die Kirche St. Ursula (die fast einer „autogerechten“ Modernisierung und Verbreiterung der Johannesgasse zum Opfer gefallen wäre) befand. Für die historische Orgel der Kirche wurde ein neuer Platz in Katzelsdorf an der Leitha gefunden und so konnte ein für Unterricht und Konzerttätigkeit optimiertes neues Instrument errichtet werden (1968 von Gregor Hradetzky gebaut). Inzwischen befinden sich in der Kirche drei stilistisch unterschiedliche Instrumente, neben jenem von 1968 auch eine italienische Orgel aus dem 18. Jahrhundert sowie die Hausorgel von Franz Schmidt. Bei Bedarf stehen auch ein Positiv, ein Flügel sowie ein Harmonium zur Verfügung.
Heute ist St. Ursula eine lebendige und vielfältig genutzte Kirche. Für etwa 50 Studierende der Studienrichtungen Kirchenmusik, Konzertfach Orgel sowie Instrumental(Gesangs)pädagogik Orgel ist sie Konzertsaal, Kirche mit Gottesdiensten und Rundfunkübertragungen, aber auch Raum für Unterricht und Abschlussprüfungen. Sie bietet Platz für ganz unterschiedliche Projekte, die nicht zuletzt den Austausch und das Miteinander mit anderen Instituten (insbesondere dem Institut für Alte Musik) fördern.
Die Musik, die im Jubiläumsjahr erklungen ist – vom gregorianischen Choral bis zu experimentellen Orgelklängen neuester Kompositionen und Improvisationen – sprengt das Alter der Kirche um viele Jahrhunderte. Mit „Gott in der Mitte“ wurde eine neue Veranstaltungsreihe geschaffen, in der die Studierenden jeweils am Mittwoch in der Mitte des Monats einen Gottesdienst gestalten und dabei die ganze stilistische Vielfalt des kirchenmusikalischen Repertoires erfahrbar machen.
Zwei besondere Aufführungen des Jubiläumsjahres, die vom Institut für Alte Musik und jenem für Orgel, Orgelforschung und Kirchenmusik gestaltet wurden, suchten den direkten Bezug zur Geschichte der Kirche: Die Aufführung des Oratorio di Santa Susanna, komponiert vom Wiener Hofkomponisten Carlo Agostino Badia für das Ursulinenkloster, wo das Werk erstmals 1707 zum Fest der Heiligen Ursula erklang, sowie der sogenannten „Ursulinenmesse“ (KV 49) des jungen Wolfgang Amadeus Mozart (1768), bei der es die Vermutung gibt, dass sie in St. Ursula uraufgeführt wurde. Die Messe hat ein ungewöhnliches arioses Basssolo, das speziell für die ursulinische Basssängerin Maria Johanna Nepomucena gedacht gewesen sein könnte.